Andy commence à jouer de la guitare acoustique à l’âge de 13 ans. Peu de temps après, Andy obtient sa première guitare électrique et reproduit les standards de ses groupes favoris (Metallica, Eric Johnson, Joe Satriani et Dream Theater). A l’âge de 16 ans, Andy découvre des artistes solistes tels que Michael Hedges, Don Ross et Billy McLaughlin. Ces derniers sont aujourd’hui revendiqués comme ses influences principales.
A 20 ans, il compose ses premiers morceaux et sort en 2001 un premier album intitulé Nocturne. La même année il termine 3e d’une compétition nationale de guitare acoustique, faisant de lui le plus jeune à être classé dans le top 3. En 2003, Andy McKee commence à se produire à l’étranger, notamment à Taiwan aux côtés de Jacques Stotzem, Isato Nakagawa et Masaaki Kishibe. Son gout pour l’expérimentation le conduise à jouer avec un instrument particulier, hybride d’une harpe et une guitare. Son deuxième album, Dreamcatcher, voit le jour en 2004. Il enchaine l’année suivante avec l’impressionnant Art of Motion, révélateur d’un talent et d’une technicité hors pair.